Vingt-trois espèces de cétacés migrent dans les eaux au large de Lajes do Pico, plus que dans n'importe quelle autre zone comparable de l'Atlantique Nord.
Le plateau continental chute brusquement ici, plongeant des eaux côtières peu profondes à des profondeurs abyssales dépassant trois mille mètres à quelques milles nautiques du rivage. Ce canyon sous-marin crée des courants ascendants qui concentrent les calmars, proie principale des cachalots, qui font surface pour respirer après des plongées pouvant durer jusqu'à quatre-vingt-dix minutes. Les baleiniers de Pico ont chassé ces animaux depuis des bateaux ouverts jusqu'en 1987, date à laquelle le Portugal a interdit la chasse commerciale à la baleine et où l'économie de l'île s'est orientée vers l'observation.
La flotte de catamarans d'observation des baleines à Pico opère depuis les mêmes quais en pierre où les bateaux baleiniers s'amarraient autrefois, et de nombreux capitaines sont d'anciens baleiniers ou leurs descendants. Les « vigias », tours de guet construites sur les falaises autour de l'île, fonctionnent toujours comme stations de repérage. Les observateurs postés dans ces tours communiquent par radio les coordonnées aux bateaux lorsqu'ils aperçoivent des souffles ou des sauts, un système hérité directement de l'ère baleinière. Les expéditions modernes suivent des protocoles d'approche stricts établis par le gouvernement açorien : les navires doivent couper les moteurs à deux cents mètres, dériver passivement et limiter le temps d'observation à trente minutes par groupe.
Les cachalots sont présents toute l'année, avec des pics d'observation entre avril et octobre. Les baleines à fanons, dont le rorqual boréal, le rorqual commun et la baleine bleue, passent par là lors des migrations de printemps et d'automne. Les dauphins communs, grands dauphins et dauphins de Risso sont des espèces résidentes, souvent rencontrées en groupes se comptant par dizaines. Plusieurs opérateurs intègrent des biologistes marins à bord, collectant des données de photo-identification qui alimentent les bases de données régionales de conservation. Ces expéditions de recherche permettent aux passagers d'observer le travail sur le terrain en temps réel : photographie des caudales pour l'identification individuelle, enregistrements par hydrophone des clics des cachalots, annotations comportementales consignées sur des tablettes étanches.
Les catamarans eux-mêmes vont des semi-rigides de douze mètres aux plateformes de recherche spécialement conçues avec des réseaux d'hydrophones et des caméras sous-marines. Les départs suivent généralement les briefings matinaux au bureau de réservation sur la Rua do Saco, où les capitaines examinent les conditions de mer, les observations récentes et les procédures de sécurité. Lajes do Pico reste le point de départ le plus actif, bénéficiant de sa proximité avec les eaux profondes et de la concentration de vigias le long de la côte sud. Les circuits en catamaran d'observation des baleines à Pico sont devenus l'ancrage économique d'un port qui traitait autrefois l'huile de baleine, un changement que les historiens locaux décrivent comme à la fois pragmatique et symbolique.
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